Team Prime vive na Terra, três anos após seu último confronto com Decepticons . Autobot Central Command está localizado em um silo de mísseis convertido em Nevada fornecido pelo governo dos Estados Unidos, com o agente especial William Fowler atuando como sua ligação. No entanto, a presença de Transformers on Earth não é geralmente conhecida entre a população civil.

Quando os Decepticons resurgem, os Autobots levam três testemunhas adolescentes, Jack Darby , Miko Nakadai e Raf Esquivel sob sua proteção. Megatron retorna tendo descoberto a Dark Energon , que lhe concede o poder de ressuscitar os mortos, mas está ferido, com Starscream assumindo o comando em sua ausência. Após o avivamento de Megatron, Starscream foge depois de mostrar repetidamente que ele é incapaz de provar sua lealdade ao líder Decepticon .