O Japão de um futuro próximo sofre um desastre inexplicável. Cinco anos depois, a reconstrução está a caminho. Dois jovens pesquisadores numa universidade estão botando todas as suas esperanças no desenvolvimento robótico. Atom: The Beginning é uma prequela oficial do clássico Astro Boy de Osamu Tezuka. A obra explora a origem da robótica através dos estudantes de pós-graduação Umataro Tenma e Hiroshi Ochanomizu enquanto constroem o robô A106.